Puella Magi Madoka Magica Online fué un juego 2D online que está basado en los eventos de la serie. El juego es Free-for-play, pero esta restringido a residentes japoneses y la interfaz únicamente en ese idioma. Fue dado de baja en mayo de 2015.
Historia[]
Artículo principal: Puella Magi Madoka Magica Online: Historia
Aunque Madoka salvó a todas las Puella Magi de la historia y cambió las leyes de los Incubadores; aún hay mundos en los que las cosas no están tan bien después de todo. Homura continúa viajando por las líneas de tiempo con la esperanza de salvar a Madoka de Noche de Walpurgis, pero en una de esas conoce a una Puella Magi desconocida que las ayuda a pelear contra Walpurgis, pero muere en el intento. Viendo el poder de esta Puella Magi, Homura se convence de que ella puede ayudarla a salvar a Madoka en la proxima línea de tiempo.
Para la línea de tiempo siguiente, la Puella Magi desconocida y ahora protagonista, se convierte en una nueva miembro del grupo de Puella Magis dirigido por Mami Tomoe. Homura decide vigilar de cerca a la Protagonista, creyendo que ella es su esperanza para salvar a Madoka. Sin embargo, Kyubey se da cuenta rápidamente de las intenciones de Homura, así como el hecho de que la Protagonista es una Puella Magi irregular...
Como jugar[]
Hay cuatro servidores de juego: ローズ (Rose), シルバー (Silver), ダーク (Dark) y シャドウ (Shadow). Una vez que se escoge uno, tu cuenta estará ahí y no puedes entrar a otros servidores.